องค์กรคริสตจักรเมตตากิจดำเนินพันธกิจด้วยพลังแห่งความเชื่อและความรักอันยิ่งใหญ่ โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อก่อตั้งคริสตจักรท้องถิ่นในพื้นที่ที่ยังไม่มีคริสตจักร และเสริมสร้างความเข้มแข็งให้แก่คริสตจักรไทยและองค์กรคริสเตียนต่างๆ ผ่านกระบวนการสร้างสาวกและการฝึกอบรมพัฒนาผู้นำ

องค์กรยังมีเป้าหมายที่สำคัญยิ่งในการพัฒนาชุมชนและยกระดับคุณภาพชีวิตของเพื่อนมนุษย์อย่างรอบด้าน โดยส่งเสริมการศึกษาควบคู่ไปกับการจัดกิจกรรมพัฒนาศักยภาพเด็กและอนุชนในพื้นที่ต่างๆ ตลอดจนช่วยเหลือครอบครัวที่ยากจนและส่งเสริมการฝึกอบรมอาชีพเพื่อสร้างรายได้ที่มั่นคงให้แก่ชุมชน

ทั้งหมดนี้เพื่อเป้าหมายสูงสุดในการเปลี่ยนแปรสังคมและเยียวยาชีวิตของผู้คนด้วยสัมผัสแห่งความรัก ความหวัง และความดีงามอันสะท้อนผ่านการปฏิบัติด้วยความเมตตาอย่างเป็นรูปธรรมในทุกมิติ